Un'altra questione "spinosa" fu quella della Tonnara: la Municipalità di Santa Margherita, trovandosi a corto di disponibilità economiche, chiese all'affittuario, sig. Leverone, di presentarsi alla Casa Municipale per definire le nuove tasse; i Cortesi, saputa la cosa , intimarono al loro cittadino Leverone di non andare. Questi si adeguò ubbidendo all'intimazione, con grande disappunto dei Margheritini. Non solo: San Giacomo, in accordo con Nozarego, ricorse anche al Direttorio Esecutivo, ma, in risposta a questa manovra, i Margheritini strinsero strategica alleanza con Portofino, chiedendo al Direttorio la riforma dei limiti del territorio di San Giacomo di Corte.
Nel frattempo i Giacomini elessero i loro rappresentanti ugualmente nei loro uffici, seguitando ad esercitare tutte le loro funzioni, tra cui, una delle più importanti era quella della Pubblica istruzione.
Il 5 aprile 1799 furono abolite le Municipalità Semplici di San Siro e San Lorenzo per Santa Margherita e di Nozarego e Portofino per San Giacomo, demandando le competenze alle sole Municipalità di Santa Margherita e San Giacomo.
Il 1799 e il 1800 furono anni tremendi, segnati da rivalità intestine, fino alla data del 27 aprile 1800, quando Margheritini e Giacomini stesero un documento congiunto in cui si intendeva saldare finalmente tra loro, rapporti di fratellanza. Il 22 dicembre 1812, Napoleone, con un decreto Imperiale, univa definitivamente Santa Margherita e San Giacomo in un solo Comune con il nome di Porto Napoleone, ma dopo la caduta dell'Impero Napoleonico, il 16 aprile 1814 si insediò a Genova il Governatore Provvisorio della Repubblica Ligure, e i singoli comuni furono affidati ad Amministrazioni Provvisorie: finì così la breve gloria di Porto Napoleone. La storia ci narra di un ulteriore tentativo di separazione, datato 1817, voluto dai Giacomini che però non ebbe alcun esito. Sorse quindi, nel 1818, per volontà del Governatore, la Città di Santa Margherita di Rapallo, gestita da un "Consiglio degli Anziani", guidati da Gerolamo Costaguta.
Dopo 45 anni, nel 1863, un Decreto Reale di Vittorio Emanuele II°, sancì definitivamente l'attuale denominazione di Santa Margherita Ligure.